Σύμφωνα με το θεσμικό πλαίσιο, η Ειδική Υπηρεσία του τομέα Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης είναι αρμόδια για τη διενέργεια επαληθεύσεων στις πράξεις, που συγχρηματοδοτούνται από τους πόρους, που της έχουν εκχωρηθεί. Το σχετικό καθήκον ανατίθεται σε στελέχη των Μονάδων Β και Γ της υπηρεσίας, είναι ωστόσο δυνατόν (ανάλογα με τη φύση και τις ιδιαιτερότητες της πράξης) για τη διενέργεια επιτόπιων επαληθεύσεων να χρησιμοποιηθούν και εξωτερικοί εμπειρογνώμονες υπό την ευθύνη της Ειδικής Υπηρεσίας.

Με βάση το άρθρο 8 του Ν.3614/07, οι επαληθεύσεις που πραγματοποιούνται καλύπτουν τις διοικητικές, οικονομικές, τεχνικές και φυσικές πτυχές των πράξεων, όπως ενδείκνυται. Επίσης στο ίδιο άρθρο, παρ. 2 προβλέπεται ότι οι πραγματοποιούμενες επαληθεύσεις αφορούν:

• διοικητικές επαληθεύσεις για κάθε δήλωση δαπανών που υποβάλλεται από τους δικαιούχους.
• επιτόπιες επαληθεύσεις επιμέρους πράξεων.

Οι επαληθεύσεις πραγματοποιούνται με βάση το εγκεκριμένο ετήσιο πρόγραμμα επιτόπιων επαληθεύσεων ή μετά τη διαπίστωση ανάγκης διενέργειας έκτακτης επιτόπιας επαλήθευσης λόγω ενδείξεων για την ύπαρξη παραβάσεων εθνικού ή κοινοτικού δικαίου. Κατά την επιτόπια επαλήθευση επιβεβαιώνεται:

• ότι η δηλωθείσα δαπάνη είναι πραγματική και τεκμηριώνεται η ύπαρξη επαρκούς διαδρομής ελέγχου,
• ότι οι πράξεις όντως εκτελούνται και τα παραδιδόμενα προϊόντα ή/και παρεχόμενες υπηρεσίες συμμορφώνονται προς τους όρους της αντίστοιχης νομικής δέσμευσης ή απόφασης χορήγησης ενίσχυσης,
• η ακρίβεια των πληροφοριών που παρέχει ο δικαιούχος όσον αφορά τη φυσική και οικονομική πρόοδο της πράξης,
• η τήρηση των εθνικών και κοινοτικών κανόνων συμπεριλαμβανομένων των κανόνων δημοσιότητας.